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      4D Label Free

      4D蛋白質組學在傳統3D保留時間(retention time)、質荷比(m/z)、離子強度(intensity)這三個維度分離基礎之上增加了第四維離子淌度(mobility)的分離,重新定義了蛋白質組學的分析標準。4D Label free建立在TimsTOF Pro上,基于雙Tims和PASEF的數據采集模式,具有更高的采集速度、靈敏度和特異性,使臨床蛋白質組學在鑒定準度、鑒定深度、定量準確性、檢測周期等性能上全面提升。

      4D Label Free技術優勢

      公開的測試數據(見參考文獻1),表明4D在鑒定準度、鑒定深度、定量準確性、檢測周期上均有較大提升,樣本量要求上較大程度降低,具體性能參數如下:


      1. 鑒定更精準

      4維分離,蛋白鑒定的精確度更高。尤其是生物樣本的蛋白質組成復雜,存在大量的共洗脫現象,在很小的保留時間內卻存在大量共洗脫肽,質量差異(m/z)小。而離子淌度中對質量差異小的肽段進行區分(離子遷移率不同),實現更精準的鑒定。


      2. 鑒定數更多

      相同測試條件下,4D Label free比傳統Label free技術檢測能力提高50%以上。例如90min,4D label free蛋白組鑒定到hela蛋白5200個,鑒定數提高62.5%;11.5min,4D label free蛋白組鑒定到血液蛋白超過500多個,蛋白鑒定數提高50%。


      3. 定量更穩定

      連續進樣96針,R2>0.95,CV<5%,定量范圍超過3個數量級。


      4. 項目周期更短

      PASEF獨特的采集模式,實現超高掃描速度,實驗周期大幅縮減。


      5. 樣本量要求更低

      4D蛋白組的上樣量降低到傳統方法降低1/10,只需200ng。原始樣本量降低到傳統方法的1/4。只需少量樣本,就能達到深度覆蓋。

      項目流程

      4D項目流程包括樣本準備、實驗室樣本制備、上機檢測、數據預處理、生信挖掘等5大環節。

      產品優勢

      1. 基于高精度質譜儀TimsTOF Pro,吉凱搭建了4D Label Free技術平臺,相比傳統的label free技術,4D Label Free技術可以實現樣品鑒定準度高、鑒定深度深、定量準確性高、定量穩定性高等特點。


      2. 送樣量:送樣量要求最低的技術,低至TMT的1/4,DIA的1/2。

      樣本類型

      送樣量

      組內生物學重復

      4D label free

      DIA

      TMT

      細胞

      1.25E6個

      2.5E6個

      5E6個

      3例/組以上

      組織

      7.5 mg

      15 mg

      30 mg

      動物6~8例/組以上

      臨床20~30例以上

      血清/血漿

      25 ul

      50 ul

      100 ul


      3. 極速交付周期:10個工作日

      參考文獻

      [1] Thomas Kosinski, et al., Short nanoLC gradients optimize throughput on a timss equipped QTOF with PASEF, ASMS 2019, TP 514.

      [2] Meier F, Brunner AD, Koch S, et al. Online Parallel Accumulation-Serial Fragmentation (PASEF) with a Novel Trapped Ion Mobility Mass Spectrometer. Mol Cell Proteomics. 2018;17(12):2534-2545.

      [3] Tian W, Zhang N, Jin R, et al. Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease. Nat Commun. 2020;11(1):5859.

      [4] Azkargorta M, Bregón-Villahoz M, Escobes I, et al. In-depth proteomics and natural peptidomics analyses reveal antibacterial peptides in human endometrial fluid. J Proteomics. 2020;216:103652.

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