蛋白質（protein）是生命的物質基礎，是有機大分子，是構成細胞的基本有機物，是生命活動的主要承擔者。沒有蛋白質就沒有生命。蛋白質的表達量異常，包括磷酸化，糖基化等修飾的異常，蛋白質間相互作用異常都會引起疾病的發生。通過質譜方法可以鑒定蛋白種類以及高通量的蛋白表達量檢測，通過ELISA，WB等方法可以確定蛋白的表達量。
代謝組學(Metabonomics/Metabolomics)是效仿基因組學和蛋白質組學的研究思想，對生物體內所有代謝物進行定量分析，并尋找代謝物與生理病理變化的相對關系的研究方式，是系統生物學的組成部分。其研究對象大都是相對分子質量1000以內的小分子物質。先進分析檢測技術結合模式識別和專家系統等計算分析方法是代謝組學研究的基本方法。
生物信息學分析是隨著生命科學和計算機科學的迅猛發展產生的一種新興技術。通過綜合利用生物學，計算機科學和信息技術可以從各類組學海量的高通量數據中揭示大量而復雜的生物數據所賦有的生物學奧秘。